Haapajärven yläaste 7.-9. luokkalaisille sijaitsee Haapajärven keskustan alueella. Haapajärven yläasteella erityisopetuksessa on käytössä ns. integraatiomalli eli kaikki erityisoppilaat on sijoitettu perusluokkiin, joiden opetukseen he osallistuvat niin paljon kuin mahdollista. Jokaisella erityisoppilaalla on oma oppimissuunnitelma ja he saavat oman tasonsa muotoisia tukitoimia kaikissa niissä aineissa, joissa se on tarpeellista.

Haapajärven yläasteella on monia painopistealueita, joista keskeisimmät ovat kestävän kehityksen arvot, kansainvälisyys ja kiusaamisen vastainen toiminta. Koulu on saanut kestävän kehityksen sertifikaatin 29.5.2012. Koulun vahvuutena on monipuolinen toiminta kaikilla kestävän kehityksen osa-alueilla, joita ovat ekologinen, taloudellinen, sosiaalinen ja kulttuurinen kestävä kehitys. Myös oppilaiden osallistuminen on Haapajärven yläasteella keskeistä. Vuosittain valitaan oppilaiden oma kestävän kehityksen ryhmä, jonka edustajat osallistuvat koko koulun keke-ryhmään, johon kuuluvat Keke-koordinaattori, KV-koordinaattori, KiVa-koordinaattori ja rehtori sekä siistijöiden, kiinteistönhoidon ja ruokapalvelun edustajat.

Haapajärven yläaste on Unesco-koulu. Unesco-koulustatuksen koulu sai keväällä 2003. Koulu toteuttaa Unescon periaatteita, joita ovat kasvattaminen rauhaan, suvaitsevaisuuteen, ihmisoikeuksien kunnioittamiseen ja tasa-arvoon sekä vastuuseen ympäristöstä ja kulttuuriperinnön säilyttämisestä. Haapajärven yläaste kuuluu Haapajärven lukion ja K.J. Ståhlbergin koulun kanssa Pohjois-Suomen Unesco-ASPnetkoulujen Polaris-verkkoon, joka perustettiin vuonna 2006 Opetushallituksen tuella. Polaris-verkostossa toteutetaan erilaisia projekteja, mm. 2013-2014 Yhdessä tekemään - hanke ja 2015-2016 Rauha kasvaa -hanke.

Haapajärven yläaste on ollut mukana rakentamassa koulua ja kirjastoa ja avustamassa paikallisia asukkaita Pohjois-Tansaniassa. Koulu on tehnyt yhteistyötä myös Belomorskilaisen keskikoulu n:o 1 kanssa yli 20 vuotta. Lisäksi yhteistyö virolaisen Värskan koulun kanssa aloitettiin lukuvuonna 2015-2016. Tämä yhteistyö painottuu yrittäjyyteen ja taito- ja taideaineisiin.