Päätöksentekomenettelyä kunnassa säätelee pääosin kuntalaki ja hallintolaki. Eri hallinnonaloilla on lisäksi lukuisia omia menettelyä koskevia säännöksiä.

Haapajäven kaupungin ylintä päätösvaltaa käyttää 27-jäseninen valtuusto. Valtuuston valitsevat asukkaat joka neljäs vuosi. Valtuusto päättää Haapajärven asioista ja vastaa kaupungin taloudesta ja toiminnasta.

Valtuusto nimittää kaupunginhallituksen, joka vastaa kunnan hallinnon ja taloudenhoidon käytännön sujumisesta. Kaupunginhallitus johtaa kaupungin hallintoa ja valmistelee valtuustossa käsiteltävät asiat. Se myös valvoo kaupungin etua ja edustaa kaupunkia.

Valtuusto päättää kunnan hallinnon järjestämisestä hallintosäännöllä. Niissä määrätään kaupungin luottamushenkilö- ja henkilöstöorganisaation perusrakenne, tehtävät ja johtamisjärjestelmät.